Struktura e KQZ-së (përbërja, mandati dhe zgjedhja) kanë ndryshuar shumë herë gjatë tranzicionit. Midis viteve 1991-1998, KQZ emërohej nga Presidenti dhe Këshilli i Ministrave dhe ishte organ i përkohshëm vetëm për periudhën zgjedhore. Kushtetuta e RSH (1998) e shndërroi KQZ-në në organ kushtetues dhe përcaktoi zgjedhjen e tij nga organe kushtetuese. Një ndërhyrje tjetër në Kushtetutë (2007) solli ndryshime në përbërje, por në vitin 2008 ndryshimet kushtetuese e zhvendosën KQZ-në nga organ kushtetues në organ administrativ që funksionon mbi bazën e Kodit Zgjedhor. Reforma zgjedhore 2020 aplikoi për herë të parë krijimin e Komisionierit Shtetëror të Zgjedhjeve si organ monokratik, si dhe ndryshimin thelbësor të strukturës së KQZ-së. Pas ndryshimeve të vitit 2020 KQZ do të përbëhet nga tri organe:
1. Komisioneri Shtetëror i Zgjedhjeve (me mandat 7 vjeçar, zgjedhur nga Kuvendi)
2. Komisioni Rregullator (5 anëtarë me mandat 5 vjeçar, zgjedhur nga Kuvendi)
3. Komisioni i Ankimimeve dhe Sanksioneve (5 anëtarë me mandat 9 vjeçar, zgjedhur nga
Kuvendi)
4. Posti i Nënkomisionerit është me mandat 4 vjeçar, zgjedhur nga Kuvendi
